Der Junkerhof entstand aus einem spätmittelalterlichen „festen Haus“ aus dem 14./15. Jh. Woher der Name kommt, ist bis heute unklar. Seine jetzige Form erhielt das Haus im 17. Jh., als man den Bau nach Süden mit einem steinernen „Nahüs“ (Hinterhaus) und dem Treppenturm erweiterte. 1675 wurde die ehemals hölzerne Kammerachse im Westen durch Stein ersetzt und das Holzwerk mit Mauern eingekleidet. Trotzdem ist dem Gebäude der ursprüngliche Holzbau immer noch anzusehen. 1973 erwarb die Gemeinde Naters den gesamten Bau. Das Junkerhaus erlangte im Europäischen Jahr für Denkmalpflege und Heimatschutz 1975 nationale Bedeutung und erhielt für seine Restauration 1975/76 vom Bund und Kanton Subventionen. Noch in denselben Jahren richtete sich die Gemeindeverwaltung darin ein.